식품알레르기의 가장 근본적인 치료는 원인식품을 제한하는 데서 시작합니다.

우리나라에서 유통되는 모든 식품에는 흔한 알레르기 유발식품이 들어 있는지 표시되어 있습니다.
현재 우리나라에서 법령으로 정하여 꼭 표시하도록 되어 있는 식품은 총 22가지 입니다.(2020년 1월 기준)

식품을 제한할 때는 영양불균형이 발생하지 않도록 알레르기를 일으키는 식품 대신 대체식품을 알고 섭취하도록 해야합니다. 같은 식품군에서 대체식품 고르기 아기들을 위한 대체식품, 특수분유 우유알레르기가 있고 모유수유가 불가능한 아기들은 영양불균형의 위험이 높습니다. 이런 아기들을 위해 우유 단백질 성분이 알레르기 면역반응을 일으키지 못하도록 만든 특수분유(가수분해 분유, 아미노산 분유)가 있습니다.
가수분해 분유는 알레르기에는 안전하지만 펩타이드 특유의 쓴 맛이 나서 아기들이 잘 먹지 않으려 하고 장에서 머무르는 시간이 짧아 변이 묽어지는 문제가 있습니다.
아미노산 분유는 쓴 맛은 없으나 가격이 비쌉니다. 이런 경우에는 반드시 전문의와 상담해야합니다.

식품알레르기에서 중요한 것은 원인식품에서만 증상이 나타나는 것이 아니라 같은 식품군에서 알레르기 유사반응을 보이는 것을 교차반응이라고 합니다.